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Eugénisme
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Tout ne doit pas mourir (Herrenvolk)
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Mulder retrouve Jeramiah Smith. Va t'il suivre cet être aux étranges piuvoirs, qui connaît la nature du complot, ou va t'il le convaincre de soigner sa mère mourante ? Les deux hommes sont pris en chasse tandis que Scully découvre un fichier médical primordial ...
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COMPLOT : Mulder ferait-il lui même partie du "plan" en étant la marionnette de l'Homme à la cigarette ? Pourquoi X a t'il évoqué à Scully un programme concernant la variole avant de se taire ?
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Dégénérescence
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La Meute (Home)
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Dans une petite ville de Pennsylvanie réputée sans histoires, des enfants déterrent accidentellement un cadavre de nouveau-né présentant un nombre incroyable de malformations. Mulder et Scully suspectent les Peacock, une famille de dégénérés détruits par la consanguinité, de séquestrer la mère du bébé.
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Démon africain
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Teliko (Teliko)
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Les deux agents enquêtent sur la mort d'un homme noir dont le cadavre est retrouvé complètement dénué de pigmentation. Selon Scully, il s'agit sans doute d'un cas d'épidémie, mais Mulder est sceptique. Leur enquête les mène sur la piste d'un démon africain qui prend possession des humains en les vidant de toute substance.
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Photo de l'esprit
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Les Hurleurs (Unruhe)
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Les agents Mulder et Scully se rendent dans le Michigan pour enquêter sur la disparition de Mary Lefante et le meurtre de son compagnon. Leur seul indice est une mystérieuse photo de Mary, laissée sur les lieux du crime. Plus tard, celle-ci est retrouvée complètement lobotomisée. Les deux agents pistent alors un kidnappeur au pouvoir étrange.
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Réincarnation
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Le pré où je suis mort (The Field where I died)
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Mulder et Scully participent à un raid du FBI visant à inculper le leader d'une secte religieuse qui s'apprête à organiser le suicide collectif de sa famille. Sur place, ils rencontrent une femme qui semble victime de troubles de la personnalité. Mulder croit reconnaître en elle la réincarnation d'un amour passé ...
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Chasse aux sorcières
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Sanguinarium (Sanguinarium)
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Dans une clinique spécialisée en chirurgie esthétique, des patients meurent entre les mains de médecins réputés, qui prétendent avoir été possédés par une force démoniaque. Mulder et Scully enquêtent et découvrent des signes occultes, ainsi que d'étranges symboles de protection. La chasse aux sorcières commence ...
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Théorie du complot
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L'Homme à la cigarette (Musings of a Cigarette Smoking Man)
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u local des Bandits Solitaires, Frohike raconte en détail à Mulder le passé trouble de L'Home à la cigarette, tandis que ce dernier écoute en secret leur conversation. Mulder découvre à quel point l'Homme à la cigarette est impliqué dans les plus grands assassinats politiques du siècle. Mais est ce bien la vérité ?
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COMPLOT : L'Homme à la cigarette a été lié à Gorge Profonde, ancien indicateur de Mulder, et a assisté à l'entretien d'embauche de Scully. L'Homme de l'ombre a t'il choisi les deux agents dans un but précis ?
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La Pierre de l'espace
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Tunguska, 1ère Partie (Tunguska)
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Un indice donné par Alex Krycek entraîne Mulder et Scully à la poursuite d'un fragment de météore vieux de 4 milliards d'années. L'agent russe qui le détenait devait se rendre sur le site de Tunguska en Russie, où d'étranges phénomènes se déroulèrent en 1908. Mulder se rend sur place pendant que Scully affronte la bureaucratie ...
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COMPLOT : L'Homme manucuré demande à l'Homme à la cigarette de récupérer à tout prix ce fragment de météore, alors que Krycek cherche à nuire une organisation de l'ombre. Le complot prend une ampleur internationale.
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Prisonnier
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Tunguska, 2ème Partie (Terma)
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Mulder est retenu captif en Russie, dans un goulag où se pratiquent d'étranges expériences sur les prisonniers. Il parvient à s'enfuir en détournant un camion de livraisons. De son côté, Scully tente de convaincre ses supérieurs que des gens haut placés veulent faire disparaître un projet de vaccin contre le cancer noir ...
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COMPLOT : L'Amérique semble impliquée dans la fabrication du mystérieux "cancer noir". Mais quelles fins une telle maladie peut-elle servir ?
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Tueur en série
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Coeur de Tissu (Paper Hearts)
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Grâce à d'étranges rêves prémonitoires, Mulder retrouve le corps d'une petite fille enterrée dans un parc. Un indice trouvé sur place le mène à un dénommé John Lee Roch, emprisonné pour avoir tué une quinzaine de fillettes de huit à dix ans. Le tueur prétend être également l'assassin de Samantha, la soeur de Mulder ...
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Le Diable de la nuit
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El Chupacabra (El mundo gira)
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En Californie, une jeune immigrée hispanique est retrouvée morte au milieu de cadavres de chèvres. Son nez, ses yeux et ses lèvres sont entièrement rongés. Les villageois sont persuadés qu'il s'agit de l'oeuvre du Chupacabra, une créature légendaire qui terrorise la région. Mulder et Scully n'en sont pas convaincus ...
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Immortel
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Régénérations (Leonard Betts)
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Au cours d'un accident de la route, l'ambulancier Leonard Betts est décapité. Quelque temps plus tard, Mulder et Scully réalisent que le corps à disparu de la morgue, mais pas la tête. En interrogeant la mère de la victime, les agents apprennent que Betts est mort depuis six ans. Ce dernier semble doué du pouvoir de régénérer.
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La mort dans la peau
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Plus Jamais (Never Again)
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En froid avec Mulder, Scully part à Philadelphie enquêter sur un dossier peu intéressant. Dans la même ville, Ed Jerse, que sa femme vient de quitter, se fait faire un tatouage intitulé "Plus jamais". Alors que Ed Jerse entend des voix bizarres qui le poussent au crime, Scully le rencontre par hasard et tombe sous son charme ...
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Clones en série
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Journal de mort (Memento Mori)
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Scully, atteinte d'une tumeur au cerveau, decide de suivre une thérapie. Pour tenter de la sauver, Mulder enquête sur un centre de traitement de la stérilité. Il y découvre l'existence de clones, fabriqués au cours d'expériences apparemment financées par le gouvernement, et dirigées par le docteur Scanlon, qui soigne aussi Scully.
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COMPLOT : Skinner interfère auprès de l'Homme à la cigarette afin que Scully soit guérie de sa tumeur.
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Le Golem
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La Prière des morts (Kaddish)
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Isaac Luria, un commerçant juif, a été assassiné par trois jeunes extrémistes. Tandis que Mulder et Scully enquêtent sur ce meurtre, une silhouette pénètre dans le cimetière où repose Isaac et sculpte une forme humaine dans la boue. Bientôt, l'un des assassins est retrouvé étranglé, les empreintes d'Isaac à ses côtés.
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Le Vengeur sans visage
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L'homme invisible (Unrequited)
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Mulder et Scully sont sur les traces de Nathaniel Teager, un ancien béret vert prisonnier au Viêt Nam de 1971à 1995. Il semble avoir développé là-bas une capacité à devenir invisible, et s'est depuis lancé dans une vendetta à l'égard de l'armée, où plusieurs officiers seraient impliqués dans une étrange affaire.
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COMPLOT : Le gouvernement semble avoir souhaité la mort des officiers après avoir sollicité leur témoignage.
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Le Temps suspendu
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Tempus Fugit 1 (Tempus Fugit)
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A bord du vol 549, Max Fenig est en possession de documents confidentiels qu'il espère remettre à Mulder. Mais un mystérieux incident provoque le crash de l'appareil. Alertés par Sharon Grafia, Mulder et Scully se rendent sur le lieu du crash. Mulder remarque que les montres des passagers sont arrêtées à 20h01 alors que l'accident semble avoir eu lieu à 19h52 ...
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COMPLOT : L e crash semble avoir été organisé en vue de faire disparaître Max. Présent dans l'appareil, un étrange "moustachu" tente d'éliminer les témoins et certaines traces de l'accident.
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Preuves mortelles
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Tempus Fugit 2 (Max)
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Persuadé qu'une seconde épave d'avion repose dans les fonds du lac de Sacandaga, Mulder y découvre les restes d'un pilote à la forme inhumaine, avant d'être arrêté par les forces armées. L'agent Pendrell est abattu devant Scully, et celle-ci conclut que c'est le sergent Frish qui était la cible du meutrier. Elle tente de persuader Skinner que l'armée est responsable du crash.
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COMPLOT : Il y a un lien entre le cadavre de pilote extraterrestre, les crashs et l'objer radioactif que Max espérait remettre à Mulder. Le "moustachu" est chargé d'éliminer ceux qui pourraient éclaircir ce lien.
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Prédicateur intemporel
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Aux Frontières du jamais (Synchrony)
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Une série de meurtres de scientifiques semble prophétisée puis perpetrée par un vieil homme qui utilise à ses fins une technologie futuriste. Certaines de ses victimes sont retrouvées congelées. Dans un hôtel où a séjourné le vieil homme, Mulder et Scully découvrent une photographie de ses victimes, prise cinq ans dans le futur.
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Metamorphosis
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La Queue du diable (Small Potatoes)
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Une femme donne naissance à un bébé doté d'une queue, et prétend que le père de l'enfant est Luke Skywalker, personnage du film Star Wars. Mulder et Scully découvrent que quatre autres bébés mutants sont nés du même père et que toutes les mères ont fréquenté la même clinique, une clinique où travaille un certain Eddie Van Blunth, lui-même autrefois affublé de l'appendice dorsal.
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Abeilles tueuses
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Nid d'Abeilles (Zero Sum)
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Suite à l'attaque par des abeilles d'un centre de tri, le directeur adjoint Skinner mène seul l'enquête, récupère le cadavre d'une des victimes des abeilles, efface des preuves et se fait même passer pour Fox Mulder. Ce dernier a pourtant remarqué la disparition de certains fichiers, et remonte sans le savoir la piste vers Skinner ... à qui il confie les détails de son enquête.
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COMPLOT : Skinner suit des consignes imposées par l'Homme à la cigarette. L'attaque des abeilles est en lien avec l'affaire des clones de la plantation, d'autant que Marita Covarrubias y est mêlée.
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Visions de morts
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Amour Fou (Elegy)
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Harold Spuller, un employé de bowling simple d'esprit, semble lié à une série de meurtres de jeunes filles. Mulder croit à l'innocence d'Harold, et se persuade qu'il est en fait hanté par les esprits des victimes. Scully n'adhère pas à cette thèse, jusqu'à ce qu'elle-même soit visitée par le fantôme d'une victime.
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Pouvoir des rêves
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Crime de mémoire (Demons)
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Mulder fait un rêve perturbant et se réveille dans un motel, avec du sang sur la chemise et deux balles manquantes dans son revolver. Le voici suspecté de deux homicides. Scully vient à sa rescousse et découvre un Mulder amnésique et en état de choc, qui tente de décrypter dans ses rêves un ancien secret.
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COMPLOT : Les rêves de Mulder tracent un lien entre la disparition de Samantha, sa soeur, et l'Homme à la cigarette. Sont-ils une preuve ou le fruit de ses obsessions ?
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Complot du complot
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Le baiser de Judas (Gethsemane)
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Scully est convoquée à l'appartement de Mulder. Ce dernier s'est apparemment donné la mort. Scully identifie le corps. Plus tard, au siège du FBI, elle fait un rapport sur ses quatres dernières année auprès de l'agent, qui aurait été victime d'une pure escroquerie.
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COMPLOT : D'après Scully, l'affaire des ovnis n'est qu'un vaste leurre destiné à camoufler des crimes bien terrestres du gouvernement, et Mulder aurait servi de pion.